なのぼ～どAGを組み立て、スケッチをアップロードしようとしたところ、LEDの点滅の仕方がほかの物とは違い、アップロードできないものがありました。・AVRispでの書き込みはできて、起動後の動作には問題がありません。
・bootloaderの中身を比較しても問題ありません。
・アップロード直前に、リセットをするとアップロードできました。
つまり、オートリセットに問題ありということですね。
そこで、配線を確認するとリセット信号を出力するPL-2303HX/USB-Serialの2番ピンを確認すると、目視ではわかりませんでしたが、接触不良だったようで、半田付け直しで直りました。
原因発見まで2時間、修正作業5分でした。